龙裔战士长年驻守在珀希洛斯岛上，守卫着蕴含守护龙力量的时光之石，而主角正是龙裔战士的新成员之一。由于最近岛上出现了生物狂化的奇怪现象，龙裔战士被他们的首领——时光贤者托洛斯派到各处清理怪物，而主角也不例外。

在执行任务的过程中，主角与刚刚登岛的访客们相遇并结下了友谊——原来，现在世界各地都受到混沌之息泛滥的威胁，来自卡尔塔大学的使团在帝国名将马提亚斯的带领下登岛，准备向龙裔战士们借用时光之石，而主角恰好救助了被岛上的狂化生物袭击的使团医官特蕾西娅。

包含秩序之力的守护龙之石一共有七枚，时光之石是其中之一，这些宝石对于对抗混沌之息十分关键。因而潜藏在暗处的混沌势力代行者，名为鬼道的魔法师为了避免混沌势力被压制，暗中潜入珀希洛斯岛并释放邪术，使卡尔塔大学使团的成员们也陷入狂暴，大肆破坏。

当贤者施法净化了使团成员们时，鬼道已经向时光之石所在的神殿发起突袭。贤者授权主角带领战士们前去阻止敌人的阴谋，而马提亚斯将军清醒之后也主动提出助战。

一番激战后，鬼道终于抢先一步夺走了时光之石，但贤者以生命为代价施展穿梭时空的法术，并命令主角将过去的时光之石带回现世，改写了历史，最终使时光之石仍旧留在了龙裔战士的手中。

秩序与混沌的第一次较量结束了，被贤者托付了遗志的主角决定踏上寻找其他守护龙之石的征途，以便彻底击败混沌势力。马提亚斯与特蕾西娅成为了主角的新战友，一同出发前往帝国首都希拉坤——根据贤者的典籍记载，那里是黑暗之龙的神殿遗址的所在地。